La Liga Pro 2025 tendrá un nuevo sistema de juego, con un total de 40 fechas distribuidas a lo largo de 11 meses, lo que marca un cambio significativo respecto a temporadas pasadas, cuando se jugaban 30 fechas en dos etapas, con una final de ida y vuelta entre los ganadores de cada fase.
En esta nueva estructura, los 16 equipos de la Serie A competirán en una primera fase de 30 fechas, en formato de ida y vuelta. El ganador de esta fase se clasificará directamente a la Copa Libertadores 2026. Los equipos que terminen entre los seis primeros lucharán en el hexagonal 1, donde, mediante un torneo de todos contra todos en 10 fechas, el campeón de la Liga Pro 2025 será coronado.
Por otro lado, los clubes que se ubiquen entre el séptimo y el duodécimo lugar en la primera fase competirán en el hexagonal 2, con el ganador de este grupo accediendo a la Copa Sudamericana. La temporada también otorgará dos cupos adicionales para la Copa Libertadores y tres más para la Copa Sudamericana.
Finalmente, los equipos clasificados entre el décimo tercero y el décimo sexto lugar en la primera fase disputarán un cuadrangular para evitar el descenso. Los dos equipos que terminen en las últimas posiciones de este grupo perderán la categoría y descenderán a la Serie B del fútbol ecuatoriano.
